Star Trek Online es un MMORPG basado en el universo Star Trek ,cada jugador podrá ser capitán de su propia nave, con la explícita mención de las posibilidades de encarnar a un "Capitán de la Federación" y a un "Guerrero Klingon". Además, el jugador puede teletransportarse a la superficie de varios planetas para poder realizar enfrentamientos "cara a cara". También se podrá explorar el interior de las naves del juego.
El combate espacial hará hincapié en los aspectos tácticos de las naves, siendo fiel a la línea argumental de Star Trek, e implicará posicionarse, variar la potencia entre las armas y los escudos, y encontrar puntos débiles
Los jugadores tienen la posibilidad de explorar sistemas estelares desconocidos, y descubrir contenidos que proporcionen nuevos recursos y tecnologías, tambien podrán encontrarse con razas que poseen habilidades especiales, y reclutarlas para sus propias tripulaciones